1-      مدیریت و هدایت پژوهشکده برای انجام امور محوله و دستیابی به اهداف در چارچوب اساسنامه و ضوابط و مقررات و مصوبات شورایعالی پژوهشکده

2-      پیشنهاد اعضای شورای پژوهشی پژوهشکده جهت تایید به شورایعالی پژوهشکده

3-      صدور احکام شورای پژوهشی

4-      پیشنهاد روسای مراکز تحقیقاتی تحت پوشش جهت تایید توسط معاونت تحقیقات و فناوری و صدور حکم توسط رئیس دانشگاه

5-      صدور احکام معاونین و مدیران اجرایی پژوهشکده

6-      صدور احکام معاونین پژوهشی و شورای پژوهشی

7-      ارائه گزارش عملکرد سالانه و گزارش های درخواستی به شورایعالی و در صورت نیاز معاونت تحقیقات و فناوری وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی

8-      امضای اسناد مالی و اداری در چارچوب آیین نامه مالی و معاملاتی دانشگاه

9-      عقد قرارداد و پیگیری و اجرای پروژه های تحقیقاتی با سایر پژوهشکده ها، مراکز تحقیقاتی، دانشگاه ها و سازمان های داخلی وبین المللی خارجی

10-  تنظیم بودجه سالانه و تفصیلی پژوهشکده

11-  پیشنهاد استخدام اعضای هیات علمی پژوهشکده به شورایعالی جهت تایید و طی مراحل قانونی

12-  نظارت بر عملکرد روسای مراکز تحقیقاتی تحت پوشش، معاونین، مدیران و مسئولین واحدهای پژوهشکده جهت حسن اجرای وظایف محوله

13-  تهیه طرح های توسعه و گسترش پژوهشکده با هماهنگی معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه برای بررسی در شورایعالی و درصورت تصویب اجرای طرح ها با هماهنگی معاونت تحقیقات و فناوری دانشگاه

14-  تهیه برنامه عملیاتی سالیانه پژوهشکده در ابتدای هرسال و ارائه به شورایعالی جهت تصویب و اجرا

15-   دریافت و بررسی گزارش عملکرد سالیانه روسای مراکز تحقیقاتی تحت پوشش و اعمال سیاست های تشویقی برای مراکز دارای عملکرد بهتر

16-  تعیین نیازهای استخدامی پژوهشکده و اعلام به شورایعالی جهت تصویب و انجام اقدامات قانونی برای استخدام پرسنل موردنیاز

17-  نظارت بر عملکرد شورای پژوهشی به عنوان رئیس این شورا

18-  معرفی اعضای هیات علمی و پژوهشگران جهت صدور حکم به رئیس دانشگاه( شامل محققین تعهد خدمت و پسا دکترا)

1-      تصویب برنامه استراتژیک پژوهشکده هماهنگی به منظور اجرای برنامه های کلان براساس اسناد بالادستی مربوطه و مصوبات معاونت تحقیقات و فناوری وزارت  بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و دانشگاه

2-      بررسی و تصویب تعیین برنامه های عملیاتی، بودجه سالیانه و خط مشی های کوتاه مدت، میان مدت و بلند مدت پژوهشکده

3-      تصویب خط مشی پژوهشکده برای ارتباط علمی با سایر مراکز آموزشی و پژوهشی در محدوده ضوابط موجود

4-      بررسی و تصویب گزارش سالیانه فعالیت های پژوهشکده

5-      پیشنهاد تغییر مواد و یا اصلاح اساسنامه جهت تصویب به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی

6-      تایید صلاحیت اعضای شورای پژوهشی و اعلام به رئیس پژوهشکده برای ابلاغ حکم انتصاب ایشان برای مدت مشخص

7-      بررسی و تصویب نحوه همکاری های بین المللی پژوهشکده

8-      برگزاری جلسات شورایعالی یک بار در سال و در صورت درخواست رئیس پژوهشکده در مقاطع زمانی مورد نیاز

9-      بررسی درخواست رئیس پژوهشکده مبنی بر نیاز به راه اندازی مراکز تحقیقاتی بیشتر، و در صورت نیاز تصویب آن جهت طی مراحل بعدی

1-      بررسی طرحهای تحقیقاتی یا پایان نامه های ارسالی به شورا جهت تصویب

2-      برگزاری جلسات منظم شورای پژوهشی براساس نیاز

3-      بررسی طرحهای تحقیقاتی یا پایان نامه های ارسالی به شورا جهت تصویب و ابلاغ به منظور اجرای طرح

4-      بررسی و تصویب درخواست های مربوط به برگزاری کنگره، سمینار، کارگاه یا دوره های آموزشی/ پژوهشی

5-      بررسی پیشرفت طرحهای پژوهشی طبق پروپوزال مصوب و درصورت لزوم تجدید نظر و تصویب تغییرات آنها

6-      بررسی درخواست مراکز تحت پوشش برای برگزاری دوره های تحصیلات تکمیلی، دوره های کوتاه مدت آموزشی، همایش ها، بازدیدهای علمی و ارسال به شورایعالی جهت تصویب نهایی

7-      بررسی و تصویب گزارش های سفرهای علمی، بورس های تحصیلی و فرصت های مطالعاتی و سایر درخواست های معاونت آموزشی در چارچوب ضوابط و مقررات دانشگاه/ سازمان

8-      اتخاذ سیاست های تشویقی و انتخاب محققین و گروههای برتر مراکز تحقیقاتی تحت پوشش و یا انتخاب مرکز تحقیقاتی برتر به منظور اعطای امتیازات ویژه براساس ضوابط موجود

9-      تعیین ناظر و نظارت بر اجرای طرحهای تحقیقاتی